阴茎短小可能由多种因素导致。一般来说，遗传因素是较为常见的原因之一，如果家族中有阴茎短小的遗传倾向，后代出现阴茎短小的概率可能会相对较高。
遗传因素影响
基因决定基础尺寸： 人体的生长发育包括生殖器官的发育，很大程度上受基因调控。如果父母双方存在相关影响阴茎发育的基因缺陷等情况，就可能遗传给子代，使得子代从胚胎时期开始，阴茎发育就受到一定限制，导致出生后阴茎相对短小。
内分泌因素作用
雄激素水平关键： 雄激素对男性生殖器官的发育起着至关重要的作用。在胎儿时期，雄激素分泌正常才能保证阴茎正常发育。如果在胚胎发育阶段，由于某些原因导致雄激素分泌不足，比如先天性肾上腺皮质增生症等疾病，会影响阴茎的正常生长，出生后就可能出现阴茎短小的情况。而在青春期，如果雄激素分泌异常，比如睾酮水平低下，也会影响阴茎的进一步发育，导致阴茎短小。
孕期不利因素影响
母亲孕期情况影响： 母亲在孕期的一些不良情况也可能影响胎儿阴茎发育。例如，母亲在孕期服用某些不当药物，可能会干扰胎儿激素平衡，影响阴茎发育。还有母亲孕期接触放射性物质、化学毒物等，也可能对胎儿生殖器官发育产生不良影响，增加胎儿出生后阴茎短小的风险。另外，母亲孕期营养不良，缺乏一些对胎儿发育重要的营养物质，也可能影响胎儿生殖器官的正常发育，导致阴茎短小。