杏仁和巴旦木仁在植物学分类、营养成分及功效上有区别。杏仁分为甜杏仁和苦杏仁，甜杏仁每100克大约含有43克脂肪、21克蛋白质等；巴旦木仁属于扁桃的种仁，每100克大约含有43.9克脂肪、21.1克蛋白质等。
植物学分类区别：
杏仁： 杏仁是蔷薇科植物山杏、西伯利亚杏等的种子。分为甜杏仁和苦杏仁，甜杏仁味道偏甜，苦杏仁有苦味。巴旦木仁： 巴旦木仁其实是扁桃的种仁，扁桃是蔷薇科桃属扁桃亚属植物，所以巴旦木仁在植物学分类上和杏仁所属的类别不同。
营养成分区别：
杏仁： 甜杏仁富含蛋白质、脂肪、糖类、胡萝卜素、B族维生素、维生素C、维生素P以及钙、磷、铁等营养成分。苦杏仁除了含有甜杏仁的部分营养成分外，还含有苦杏仁苷等特殊成分。巴旦木仁： 巴旦木仁含有丰富的蛋白质、不饱和脂肪酸，还含有维生素E、镁、钾、钙等多种矿物质以及膳食纤维等。例如每100克巴旦木仁中维生素E含量较高，有助于抗氧化。
功效区别：
杏仁： 甜杏仁有润肺、止咳、滑肠等功效，可用于肺燥咳嗽等病症。苦杏仁有小毒，有降气止咳平喘、润肠通便的作用，但不能自行随意食用，需在医生指导下使用。巴旦木仁： 巴旦木仁能够为人体提供能量，其中的不饱和脂肪酸有助于降低胆固醇，对心血管健康有益；其含有的维生素E等成分有抗氧化作用，能延缓细胞衰老；同时其中的膳食纤维有助于促进肠道蠕动，预防便秘。不过食用时也要注意适量，因为其脂肪含量相对较高。