眨眼睛时眼睛痛的原因包括：长时间凝视屏幕或书本致眼周肌肉僵化，眨眼时肌肉被牵扯而痛，多眨几下眼活动可缓解；经常眨眼痛且休息后不缓解，则可能由眼睛异物、眼部疾病或其他疾病导致。
一、眼睛异物：
1.灰尘、蚊虫进入眼睛。
2.脱落的睫毛。
3.隐形眼镜长时间未更换等情况，都可刺激眼睛引起眨眼时疼痛。
二、眼部疾病：
1.结膜炎：各种原因引发结膜发炎，因炎症刺激可导致眼干、眼痛，眨眼时疼痛更明显。
2.角膜炎：角膜防御减弱致炎症，可刺激眼球致眼部干痒、疼痛及眼睑痉挛，造成眨眼眼部痛。
3.眼睑炎：临近组织炎症蔓延形成，眨眼时炎症对眼睑刺激更剧烈而致痛。
4.其他疾病：
(1)麦粒肿。
(2)虹膜睫状体炎等眼睛其他组织炎症，也可在眨眼时刺激眼睛产生疼痛症状。此外，霰粒肿、倒睫、眼结石等也会因刺激眼部神经致眨眼时疼痛、异物感。
三、其他部位疾病：
1.干燥综合症：患者因泪腺分泌黏蛋白减少致眼干、眼涩，眨眼时痛。
2.鼻窦炎：感染活动期或症状较重时可向周围蔓延致头、面及眼睛疼痛，可能与眨眼无关。
此外，眼部外伤或中医所说上火等也可致眨眼眼痛。因该症状不具特异性，若患者能短期通过休息缓解，通常为眼部疲劳引起，无需特殊治疗；若部分患者症状持续或加重、疼痛明显，应积极前往医院接受眼部检查和治疗。