婴儿心脏卵圆孔未闭主要是胚胎发育过程中的异常所致。胎儿时期，卵圆孔是心脏正常的生理性通道，一般在婴儿出生后1年左右会逐渐闭合，但约有20% - 25%的人卵圆孔会持续未闭。
胚胎发育因素：
心脏发育阶段影响：在胚胎发育到第5 - 7周时，原始心房开始分隔，形成原发隔和继发隔，从而逐渐形成卵圆孔。如果在这个过程中，原始心房的分隔出现异常，就可能导致卵圆孔未闭。例如，原发隔发育过短，不能完全遮盖继发隔上的卵圆孔，就会使卵圆孔持续开放。遗传因素的潜在作用：有研究表明，卵圆孔未闭可能与遗传因素有关。如果家族中有卵圆孔未闭的遗传倾向，那么婴儿发生卵圆孔未闭的概率可能会相对较高。虽然具体的遗传机制还不完全明确，但基因的某些突变或异常可能会影响心脏的正常发育，进而导致卵圆孔未闭。
母体孕期影响：
孕期感染因素：孕妇在孕期如果感染了某些病毒，如风疹病毒等，可能会影响胎儿心脏的发育，增加卵圆孔未闭的发生风险。因为病毒感染可能会干扰胚胎心脏的正常分隔过程，导致卵圆孔不能正常闭合。一般来说，孕期感染发生在怀孕早期（尤其是前3个月）时，对胎儿心脏发育的影响更为明显。孕期接触不良环境因素：孕妇在孕期接触一些有害的化学物质，如农药、重金属等，或者处于放射性环境中，也可能影响胎儿心脏的发育，引发卵圆孔未闭。例如，长期接触高浓度的铅等重金属，会干扰胎儿心脏组织的正常形成，使得卵圆孔的发育出现异常。
其他可能因素：
胎儿血液循环特点：胎儿时期，卵圆孔是保证血液从右心房流向左心房的重要通道，以适应胎儿特殊的血液循环需求。出生后，随着肺循环的建立，左心房压力升高，会促使卵圆孔逐渐闭合。但如果胎儿时期血液循环的某些特殊情况持续存在，可能会影响卵圆孔的正常闭合。比如，胎儿时期肺循环阻力较高，出生后肺循环阻力迅速下降，如果这个过渡过程出现异常，也可能导致卵圆孔未闭不能及时闭合。出生时的特殊情况：婴儿出生时的一些特殊情况，如早产等，也可能与卵圆孔未闭的发生有关。早产儿的各个器官发育相对不成熟，心脏的发育也可能受到一定影响，从而增加卵圆孔未闭的发生几率。一般来说，早产儿胎龄越小，发生卵圆孔未闭的可能性相对越大。