植物神经紊乱的治疗药物需根据具体症状来选择，比如调节自主神经功能的药物有谷维素，一般来说，它可以在一定程度上调节植物神经功能，通常可以按剂量服用一段时间。
调节神经递质类药物
5-羟色胺再摄取抑制剂：像盐酸帕罗西汀，它能通过抑制5-羟色胺的再摄取，改善植物神经紊乱引起的情绪方面的问题，比如焦虑、抑郁等症状，但使用时要注意可能会有一些胃肠道不适等副作用，且需在医生指导下使用。去甲肾上腺素再摄取抑制剂：盐酸文拉法辛也是常用的一类药，它对改善植物神经紊乱相关的情绪障碍有一定作用，不过也可能会引起血压升高等情况，用药时要密切关注自身状况。
对症治疗药物
改善睡眠药物：如果植物神经紊乱导致失眠，常用的有艾司唑仑，它能帮助入睡，但这类药物属于镇静催眠药，长期使用可能会有成瘾性，所以不能自行长期服用。还有佐匹克隆，也可用于改善睡眠，同样要注意其使用的疗程等问题。调节胃肠功能药物：当植物神经紊乱影响胃肠功能出现消化不良等症状时，多潘立酮可以促进胃肠蠕动，帮助消化，但使用时要注意按照正确的用法用量，且如果有胃肠道梗阻等情况是不能使用的。
中药调理相关药物
逍遥丸：它具有疏肝健脾、养血调经的作用，对于植物神经紊乱引起的情绪抑郁、胁痛、月经不调等有一定的调理作用，一般来说可以按疗程服用，但孕妇要慎用。归脾丸：能益气补血、健脾养心，对于植物神经紊乱导致的心悸、失眠、食欲不振等有一定的改善作用，不过有感冒发热症状的病人不宜服用。