胃肠神经官能症主要表现多样，常见消化系统症状较为突出。比如患者可能会出现大约60%-70%的人有腹胀、腹痛的情况。腹痛部位不固定，多在脐周，一般在排气或排便后可缓解。
消化系统方面的表现
腹胀： 患者常自觉腹部胀满，感觉肚子里有气体积聚，可能持续数小时甚至数天，进食后腹胀往往会加重。腹泻与便秘交替： 有的患者会出现腹泻，大便次数增多，每日可达3-5次，大便多为稀糊状；而有的时候又会出现便秘，排便困难，数天一次大便，粪便干结。
精神心理方面的表现
焦虑抑郁情绪： 约有40%-50%的胃肠神经官能症患者会伴有焦虑、抑郁等情绪问题。患者可能会整天忧心忡忡，对很多事情提不起兴趣，情绪低落，容易烦躁不安。睡眠障碍： 大约30%-40%的患者存在睡眠障碍，表现为入睡困难、多梦、易惊醒等。比如有的患者晚上躺在床上很久都无法入睡，即便睡着了也容易从梦中醒来，睡眠质量很差。
其他表现
全身不适： 部分患者还会有全身不适的感觉，大约有20%-30%的人会出现头痛、头晕、乏力等症状。头痛多为隐痛，部位不固定；头晕感觉头重脚轻；乏力则是自觉身体没力气，活动后更加明显。