新生儿肚子咕咕叫可能有多种原因。一、生理性原因：因胃肠功能不完善，肠道蠕动频率比成人节律性差，且腹壁较薄弱，肠鸣音易传出，出现生理性肠鸣音亢进，若此时无哭闹无需担心，长大后会慢慢好转，若有哭闹可能是饥饿，喂奶即可。二、病理性原因：1.胃肠道功能紊乱：可能由喂养不当，如一次喂养过多或吞入较多空气，致新生儿消化不良或胀气，从而肚子咕咕叫。可适当服用益生菌，如双歧杆菌三联活菌散或蜡样芽孢杆菌片等，同时要更改喂养方式，尽量让新生儿含住乳头或奶嘴，多顺时针给新生儿揉肚子来缓解。2.乳糖不耐受：因新生儿乳糖分泌过少，不能完全消化分解乳糖，而出现腹泻、腹胀、肚子咕咕叫、排气等现象，此时可在医生指导下应用乳糖酶制剂来改善。3.胃肠道炎症：若新生儿肚子咕咕叫时间长，或伴有腹泻和发热，要考虑胃肠道炎症，炎症反应也会致肚子咕咕叫。此时应到医院完善血常规、C反应蛋白、降钙素原等检查，可使用盐酸左氧氟沙星、肠炎宁片、奥美拉唑、蒙脱石散、多潘立酮等药物治疗，也可用头孢地尼分散片或双歧杆菌三联活菌散等适当调节肠道菌群。若新生儿肚子咕咕叫时间长或伴有其他症状，应及时到专业新生儿科治疗，以免耽误病情。
总结概况提示：新生儿肚子咕咕叫要区分是生理性还是病理性，生理性一般无需特殊处理，病理性则需根据具体情况进行相应治疗，当情况不明或症状持续时要及时就医。