怀孕3个月肚子隐隐作痛的原因包括韧带牵扯、假性宫缩、先兆流产等。
一、韧带牵扯：怀孕三个月时子宫会逐渐突出盆腔进入腹腔，随着子宫的慢慢增大，在增大过程中会牵拉盆腔韧带，从而导致肚子出现隐隐作痛的感觉。
二、假性宫缩：怀孕三个月时，如果孕妇情绪激动，或与男性发生性行为，或从事过重的体力劳动，或进行剧烈的体育运动等不良刺激，都可能诱发子宫收缩，进而出现肚子隐隐作痛的症状。在怀孕期间避免性生活、保持饮食清淡且适量，通常能缓解症状。
三、先兆流产：怀孕期间若胚胎质量不佳、体内孕激素分泌不足等可能引起先兆流产，会有腹部明显下坠感、阴道异常出血等表现，同时可能伴有肚子隐隐作痛的症状。
怀孕三个月肚子隐隐作痛可能是生理性的，也可能是病理性的，具体原因需通过相关检查来明确判断。总之，当出现这种情况时要引起重视，及时就医检查，以便明确原因并采取相应的措施。