疱疹性咽峡炎主要由肠道病毒引起，治疗上以对症处理为主。一般来说，病程大多在1周左右，多数患儿可自愈。
一般对症治疗
缓解发热： 如果患儿体温超过38.5℃，可使用对乙酰氨基酚等药物来退热，这类药物能通过抑制前列腺素合成发挥解热镇痛作用。对于体温在38.5℃以下的患儿，可采用物理降温，比如用温水擦拭额头、颈部、腋窝、腹股沟等部位，帮助散热。缓解咽痛： 患儿会有咽痛不适，可让其多喝温水，保持咽喉部湿润，减轻不适。也可以适当含服一些具有清咽利喉作用的含片，但要注意儿童使用含片时需有成人监护，避免误吞。
抗病毒治疗
常用药物： 目前对于肠道病毒感染引起的疱疹性咽峡炎，尚无特效的抗病毒药物。但如果是由柯萨奇病毒A组引起，在发病早期可考虑使用干扰素α等药物，干扰素α具有抗病毒、抑制细胞增殖以及调节免疫等作用。不过使用干扰素α时要注意可能会出现一些不良反应，如发热、头痛等，需在医生严格评估下使用。
日常护理要点
隔离休息： 患儿需要隔离2周左右，避免交叉感染。要让患儿多休息，保证充足的睡眠，这样有利于身体恢复。饮食调整： 给予患儿清淡、易消化的流质或半流质饮食，如牛奶、米粥、面条等。避免让患儿食用辛辣、刺激性、过烫的食物，这些食物会加重咽痛症状。同时要保证患儿摄入足够的水分，维持身体的新陈代谢。口腔护理： 保持口腔清洁，饭后可以让患儿用温水漱口，或者年龄较大的患儿可以使用淡盐水漱口，减少口腔内细菌滋生，预防继发感染。家长要观察患儿口腔疱疹的情况，如果疱疹破溃出现溃疡，可在医生指导下使用一些促进溃疡愈合的药物局部涂抹。