阴茎流脓尿疼主要由包皮龟头炎、细菌性前列腺炎、尿道炎等导致，治疗需对症。而阴茎流脓和尿疼后的同房时间取决于患者恢复情况，具体如下：
一、包皮龟头炎：
1.常发于包皮过长或包茎男性，因平时不注重龟头清洁，包皮垢刺激龟头和尿道致局部炎症，出现阴茎流脓和尿疼。可用高锰酸钾溶液清洁龟头，并用头孢呋辛钠片、甲硝唑片、阿莫西林胶囊等治疗；症状控制后可选择包皮环切术。平时要注意个人卫生，饮食清淡。
2.药物治疗一般为7至14天，治疗期间避免同房以免加重病情，可在治疗两周且无明显流脓和尿疼时考虑同房。
二、细菌性前列腺炎：
1.主要由大肠埃希菌、克雷伯杆菌、铜绿假单胞菌感染引起，病原体随尿液侵入前列腺致感染，产生脓性分泌物和明显尿疼。可选用头孢克洛缓释胶囊、坦索罗辛缓释胶囊、左氧氟沙星胶囊等治疗，平时要多喝水，避免久坐，禁食辛辣刺激食物。
2.细菌性前列腺炎药物治疗一般需1至2周，可在治疗两周且无明显流脓和尿疼时考虑同房。
三、尿道炎：
1.多由淋球奈瑟双球菌、支原体、衣原体感染所致。病原体引发化学毒性物质产生致局部炎症，可有尿道分泌物增多、尿疼、尿频、尿急等症状。淋菌性尿道炎可用注射用头孢曲松、左氧氟沙星片、红霉素片等治疗；非淋菌性尿道炎可用阿奇霉素片、多西环素片、红霉素片等治疗。平时要避免高危性行为，适当运动增强免疫力。
2.尿道炎用药约一周后症状会减轻，约一个月症状可能消失，所以需在治疗一个月且无明显流脓和尿疼时才可同房。
总结：阴茎流脓尿疼的原因多样，不同病因治疗方法及同房时间要求不同。患者需根据自身具体情况，在医生指导下进行治疗和确定合适的同房时间，同时要注意生活中的相关事项以促进恢复。