肛门镜检一般不会有剧烈疼痛，多数人感觉是轻微不适。通常检查时，肛门镜进入直肠的过程可能会有短暂的坠胀感，类似想排便的感觉，但一般都在可耐受范围内。
检查时的感受差异
个体差异影响： 不同人的痛觉耐受程度不同，有些人对肛门镜检的感受相对较轻，可能仅感觉有轻微的异物感；而有些人可能会感觉相对明显一些，但一般都不会达到难以忍受的剧痛程度。比如，经常进行肛门部位相关检查的医护人员，他们对这种检查的耐受度可能会相对高一些，而首次进行肛门镜检的人可能会感觉稍明显。检查操作影响： 医生的操作手法也会影响检查时的感受。经验丰富的医生操作比较轻柔、熟练，能尽量减少对肛门及直肠黏膜的刺激，这样受检者的不适感觉会相对较轻。如果医生操作比较粗暴，可能会加重受检者的不适，但正规医疗机构的医生都会尽量轻柔操作以减轻痛苦。
检查前的准备缓解不适
检查前清洁肠道： 检查前通常需要进行肠道清洁准备，比如口服泻药等。清洁肠道可以使肠道内的粪便等物质排出，便于医生清晰观察肛门及直肠内部情况，同时也能减少因肠道内有粪便等造成的不适感。一般按照医生要求进行规范的肠道清洁即可。放松身心： 受检者在检查前要尽量放松身心，过度紧张可能会加剧对检查的不适感。可以通过深呼吸等方式来放松，比如缓慢地吸气，让腹部隆起，然后缓慢呼气，重复几次，帮助放松肛门周围的肌肉，这样也有助于减轻检查时的不适感觉。
检查后的注意事项
观察有无不适： 检查后要留意自身有无异常情况，比如是否有持续的疼痛、出血等。如果出现持续较剧烈的疼痛或者大量出血等情况，要及时告知医生进行处理。一般检查后短时间内可能会有轻微的肛门坠胀感等，这属于正常现象，通常会在短时间内逐渐缓解。保持肛门清洁： 检查后要注意保持肛门部位的清洁卫生，可以用温水轻柔清洗肛门，避免感染等情况发生。同时，在检查后的短时间内，要避免剧烈运动，尽量多休息，让身体逐渐恢复。