十二指肠溃疡最明显的症状之一是空腹时上腹部疼痛，这种疼痛多在进食后缓解，一般疼痛会持续数分钟到数小时不等。比如很多患者会在饥饿时，如上午10点到11点、下午4点到5点左右出现上腹部疼痛，进食一些食物后疼痛会有所减轻。
疼痛的节律性表现
十二指肠溃疡的疼痛具有明显的节律性。一般表现为餐前痛，也就是空腹时疼痛明显，进食后缓解，之后可能在下次餐前又出现疼痛。这种节律性是因为空腹时胃酸直接进入十二指肠，刺激溃疡面引起疼痛，进食后胃酸被食物中和，疼痛就会缓解。
疼痛的性质与伴随症状
疼痛性质多样，可为钝痛、胀痛、灼痛或剧痛等。部分患者还会伴有反酸、嗳气等症状。反酸是因为胃酸分泌过多，从食管反流上来；嗳气则是胃内气体经食管排出的现象。而且有的患者可能会在夜间痛醒，这是因为夜间胃酸分泌相对较多，对溃疡面的刺激更明显。另外，少数患者可能没有明显的疼痛症状，而是以出血、穿孔等并发症为首发表现，比如突然出现剧烈的上腹部疼痛，伴有面色苍白、出冷汗等休克表现，这就可能是溃疡穿孔了，需要立即就医。
与其他疾病疼痛的区别
十二指肠溃疡的疼痛要与胃溃疡相区别。胃溃疡的疼痛多在餐后1小时内出现，1 - 2小时后逐渐缓解，呈现出进食 - 疼痛 - 缓解的规律，和十二指肠溃疡的餐前痛节律相反。所以通过疼痛出现的时间和与进食的关系，可以初步判断是十二指肠溃疡还是胃溃疡，但最终还需要通过胃镜等检查来明确诊断。