鼻中隔穿孔可能带来多方面危害。一般来说，鼻中隔穿孔会导致鼻腔干燥不适，约有半数以上的患者会感觉鼻腔干燥，尤其在空气干燥的环境中更为明显。
鼻腔功能受影响方面
通气功能改变： 穿孔会使鼻腔气流变得紊乱，可能引起鼻塞症状。部分患者会感觉呼吸时气流通过穿孔处不顺畅，影响正常的通气功能，严重时可能需要用口呼吸来代偿。嗅觉功能障碍： 鼻中隔与嗅觉区域关系密切，穿孔可能干扰气流对嗅区的刺激，导致嗅觉减退，大约有1/3的患者会出现不同程度的嗅觉下降情况。
局部感染风险增加方面
容易引发炎症： 穿孔处局部防御能力下降，细菌等病原体容易侵入，引发鼻腔黏膜炎症。患者可能会出现鼻腔黏膜红肿、疼痛，还可能有分泌物增多的现象，分泌物可能为脓性或血性。感染扩散风险： 感染如果得不到有效控制，可能向周围组织扩散，比如波及鼻窦，引起鼻窦炎，出现头痛、鼻窦区域压痛等症状；严重时还可能影响到邻近的眼部、颅脑等部位，虽然这种情况相对少见，但一旦发生后果较为严重。
对日常生活影响方面
影响生活质量： 鼻腔干燥、鼻塞、嗅觉减退等问题会严重影响患者的日常生活，比如在睡眠时可能因为鼻塞而呼吸不畅，导致睡眠质量下降；在工作或学习时，嗅觉减退可能影响对气味的感知，进而影响生活和工作的舒适度。心理方面影响： 长期受鼻中隔穿孔带来的不适症状困扰，患者可能会产生焦虑、烦躁等不良情绪，因为鼻腔不适带来的频繁擤鼻、鼻部不适等情况会给患者带来精神上的负担，影响心理健康。