肝功能异常可能由多种原因导致。比如，病毒性肝炎就是常见原因之一，像乙肝病毒感染，据统计全球约有2.57亿慢性乙肝病毒感染者；丙肝病毒感染也较为常见，可引起肝脏炎症损伤。
一、感染因素导致
病毒感染： 除了乙肝、丙肝病毒，甲肝病毒感染也会引发肝功能异常，甲肝多通过消化道传播，感染后可在数周内出现肝功能指标异常，如转氨酶升高等。细菌感染： 某些细菌感染也可能影响肝功能，比如伤寒杆菌感染，可导致肝脏出现炎症反应，进而引起肝功能异常。
二、药物因素导致
prescription 药物： 一些 prescription 药物可能对肝脏有损害，例如抗结核药物异烟肼，约有10% - 20%的患者使用异烟肼后会出现不同程度的肝功能异常，表现为转氨酶升高等。非 prescription 药物： 像某些含有马兜铃酸的中药，长期或过量服用可能损伤肝脏，导致肝功能异常。
三、酒精因素导致
长期大量饮酒： 长期大量饮酒的人很容易出现肝功能异常，一般来说，成年男性每天饮酒折合酒精量超过40克，连续5年以上，就可能引发酒精性肝病，出现肝功能异常，如谷丙转氨酶、谷草转氨酶升高等；女性相对更敏感，每天饮酒折合酒精量超过20克，连续5年以上就可能有风险。短期大量饮酒： 短期大量饮酒，比如一次大量饮酒超过100克酒精，也可能导致急性肝功能损伤，出现黄疸等表现。
四、自身免疫因素导致
自身免疫性肝炎： 这是一种自身免疫介导的肝脏炎症性疾病，多见于女性，发病机制是自身免疫系统错误地攻击肝脏细胞，导致肝功能持续异常，化验检查可发现自身抗体阳性等特征。原发性胆汁性胆管炎： 也是自身免疫相关的肝病，主要是胆管受到自身免疫攻击，导致胆汁淤积，进而影响肝功能，患者可能出现皮肤瘙痒、黄疸等症状，实验室检查可见碱性磷酸酶升高等。