肛门长小肉球的治疗方法包括一般性治疗、药物治疗、物理治疗和手术治疗等，具体取决于病因，主要病因有痔疮、直肠息肉脱出、尖锐湿疣等。具体如下：
一、痔疮：是直肠末端黏膜下及肛管皮肤下静脉丛扩张屈曲形成的静脉团，常因不良生活习惯和饮食结构诱发。当出现息肉性外痔、血栓性外痔或内痔脱出时，肛门口可见实质性肿块类似“肉球”。若为息肉性外痔且症状较轻，可保守治疗，包括调整排便习惯（如蹲姿排便、有便意及时排便、排便时专注并减少时间等）和饮食结构（忌辛辣刺激性食物，以清淡易消化为主，多吃新鲜蔬菜水果等），并在医生指导下用高锰酸钾溶液温水坐浴，外用痔疮膏、痔疮栓等。若为症状明显的息肉性外痔、血栓性外痔及内痔脱出等情况，通常需手术治疗（如单纯痔核切除术、外剥内扎术、吻合器痔上黏膜环切术等），也可行物理治疗，如注射硬化剂治疗（如消痔灵注射液、5%苯酚植物油、4%明矾水溶液等）、激光治疗等。
二、直肠息肉脱出：直肠息肉是直肠黏膜表面的隆起性病变，由炎症感染性因素、遗传因素、环境因素、饮食因素等导致。腹压增加致直肠息肉脱出于体外时，体表可见肛门口处有实质性肿物类似“肉球”。治疗一般以手术为主，包括经肛门息肉切除术、经肛内镜微创手术、内镜下黏膜切除术（EMR）、内镜下黏膜剥离术（ESD）等。若症状较轻且患者手术意愿不强烈，可消毒后行手法复位。
三、尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的肛周皮肤黏膜赘生物，主要通过性行为传播，可在肛门周围触及大小不一的实性肿块，疣体单发或聚集成团可呈“肉球”样改变。一般无特殊症状，少数有疼痛、异物感、瘙痒、恶臭及出血等。治疗包括医生指导下外用药物（如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏等）、物理治疗（如冷冻治疗、激光治疗）和手术治疗（疣体切除术）。
总之，肛门出现小肉球要明确病因，根据具体情况选择合适的治疗方法。