三个月大的婴儿夜里总是哭闹不止，其原因包括周围环境、婴儿喂养、缺乏维生素D等，要依据具体情况选择不同处理方式。
一、检查周围环境或婴儿衣服。
1.周围环境温度过高或婴儿穿衣过多，会导致婴儿出汗多而身体不适。这时要适当减少婴儿衣服或降低屋内温度。
2.婴儿排尿排便后可能因不舒服而哭闹，需及时更换尿不湿并精心护理。
二、检查婴儿是否饥饿。
如果喂养不足或到了该喂奶的时候，应及时给予喂养并增加乳量。
三、检查婴儿是否缺乏维生素D。
因为维生素D缺乏会引起钙吸收障碍，致使婴儿神经系统过度兴奋，进而造成婴儿夜间哭闹不停。此时应及时补充维生素D。
总之，当三个月大的婴儿夜里哭闹不止时，要从多方面仔细排查原因，然后针对性地采取措施来解决。