多发性腔隙性脑梗死的治疗药物需根据具体病情来选择，一般常用的有抗血小板聚集药物，比如阿司匹林，它可以抑制血小板的聚集，降低血液的黏稠度，预防血栓形成，降低再次发生脑梗死的风险，通常建议每天服用一定剂量，但具体剂量需遵医嘱；还有氯吡格雷，也是常用的抗血小板药物，对于一些不能耐受阿司匹林的患者可以选用。
改善脑循环药物
丁苯酞软胶囊： 可以改善脑缺血区的微循环和血流量，促进受损神经功能的恢复。一般是口服给药，能在一定程度上帮助改善多发性腔隙性脑梗死患者的脑部血液循环状况。长春西汀注射液： 能抑制磷酸二酯酶活性，增加血管平滑肌松弛的信使c-GMP的作用，扩张血管，改善脑血流量及脑代谢。适用于改善脑梗死后遗症、脑出血后遗症、脑动脉硬化症等引发的各种症状。
控制基础疾病药物
降压药： 如果患者有高血压，需要服用降压药物来控制血压，比如氨氯地平，它可以通过阻滞血管平滑肌细胞的钙离子通道，引起血管扩张而降低血压，使血压控制在合适范围，一般每天服用一次，但具体要根据患者血压情况调整剂量；还有厄贝沙坦等血管紧张素Ⅱ受体拮抗剂，也能起到降压作用，帮助稳定血压，减少对脑部血管的损害。降糖药： 若患者伴有糖尿病，需要使用降糖药物，像二甲双胍，它可以降低2型糖尿病患者的空腹及餐后高血糖，通过减少肝糖原的产生和输出等作用来控制血糖水平，一般是口服，根据患者血糖情况调整用量；如果是胰岛素依赖型糖尿病患者可能需要注射胰岛素来控制血糖。
降脂稳定斑块药物
阿托伐他汀钙片： 属于他汀类降脂药，不仅可以降低血脂中的低密度脂蛋白胆固醇等，还能稳定动脉粥样硬化斑块，减少斑块破裂导致血栓形成的风险，一般是晚上睡前服用，能长期使用来预防多发性腔隙性脑梗死的复发等情况。瑞舒伐他汀钙片： 同样是他汀类药物，具有降低胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇的作用，同时也有稳定斑块的功效，帮助维持血管内皮的稳定，减少脑梗死相关的危险因素。