小儿肾病综合征主要是指肾脏受到损害，使得肾小球通透性增加从而引发蛋白尿，接着出现低蛋白血症、水肿、高脂血症等一系列病理生理改变，其病因较为复杂，包括原发性、继发性、遗传性等方面，具体如下：
一、原发性：即病因不明，主要与免疫反应有关。循环免疫复合物、原位免疫复合物在肾小球基底膜、系膜区、毛细血管内沉积，导致基底膜电荷或分子屏障受损，引起蛋白漏出，进而引发低蛋白血症、高脂血症和水肿，最终形成小儿肾病综合征。
1.免疫复合物的沉积：这些复合物在肾小球相关部位的沉积是关键因素。
2.屏障损害的影响：基底膜电荷或分子屏障出现问题，使得蛋白能大量漏出。
二、继发性：常见原因涵盖部分非典型链球菌感染后肾炎、系统性红斑狼疮性肾炎、过敏性紫癜性肾炎、乙型肝炎病毒相关性肾炎及药源性肾炎等。这些疾病可对肾小球毛细血管造成损伤，通过免疫性或代谢性因素损害肾小球的滤过屏障，致使滤过膜通透性增加，导致大量蛋白丢失，从而引起小儿肾病综合征。
1.各种疾病的作用：如非典型链球菌感染后肾炎等不同疾病对肾小球的伤害方式。
2.对滤过屏障的破坏：通过不同机制让滤过屏障的功能出现异常。
三、先天性：通常是指出生后三个月内发病，临床表现符合肾病综合征，同时排除继发导致的情况。遗传性先天性肾病综合征主要由于构成肾小球滤过屏障的重要分子基因突变，或调节这些基因的转录因子突变引起，造成滤过屏障受损，从而引发肾病综合征。
1.发病时间的界定：三个月内发病这一特点。
2.基因方面的原因：具体基因的突变等因素是根本所在。
总之，小儿肾病综合征的病因多样且复杂，原发性主要涉及免疫反应及相关损害，继发性与多种疾病相关，先天性则主要由基因异常导致，了解这些对于诊断和治疗该病症具有重要意义。