根尖囊肿主要通过手术治疗，一般需要在局部麻醉下进行，完整摘除囊肿。手术时要彻底刮除囊壁组织，防止复发。通常术后需要定期复查，观察恢复情况，一般间隔3~6个月复查一次。
手术治疗方式
开窗减压术： 对于较大的根尖囊肿，可采用开窗减压术。通过在囊肿上开窗，让囊液引流出，使囊肿缩小，为后续手术创造条件。这种方法适用于囊肿范围较大、周围骨质破坏明显的情况。囊肿摘除术： 是较为常见的手术方式。医生会沿着病变区的牙龈做切口，翻开牙龈组织，暴露囊肿，然后将囊肿完整摘除。术后需要缝合牙龈创口，一般术后7天左右拆线。
术前准备事项
口腔检查： 术前要进行详细的口腔检查，包括拍摄X线片，了解囊肿的大小、位置以及与周围牙齿、骨质的关系。一般拍摄根尖片和曲面断层片来辅助诊断。口腔卫生清洁： 患者需要保持良好的口腔卫生，术前1~2天要用漱口水漱口，如氯己定含漱液，每天3次，每次10~15毫升，以减少口腔内细菌数量，降低术后感染的风险。
术后注意事项
饮食方面： 术后短期内要吃软食，避免吃坚硬、辛辣刺激性食物。例如术后1周内可以吃米粥、面条、鸡蛋羹等。一般建议术后2周内都以软食为主。伤口护理： 注意保持手术创口清洁，按照医生的要求按时服用抗生素，如头孢类抗生素（不过敏情况下），预防伤口感染。如果创口出现红肿、疼痛加剧或有异常分泌物等情况，要及时复诊。