手足口疫苗最佳接种时间通常是在婴儿满6月龄时开始接种，基础免疫程序为2剂次，间隔1个月。
婴儿阶段接种时机
对于6-11月龄的婴儿，应尽早接种手足口疫苗，最好在12月龄前完成第1剂接种，然后间隔1个月接种第2剂。因为这个阶段的婴儿开始接触外界环境，感染手足口病相关病毒的风险逐渐增加，及时接种能更早获得保护。
学龄前儿童接种情况
12月龄-5岁的儿童也是手足口疫苗的接种对象，不过相对6月龄以上婴儿，接种的紧迫性稍低，但仍建议适龄儿童接种。如果之前没有接种，5岁以下儿童都可以考虑接种，尤其是托幼机构的儿童，集体生活环境下更容易感染传播，接种疫苗能降低患病风险。
特殊情况接种注意
如果儿童处于感冒、发热等急性疾病期，应暂缓接种手足口疫苗，待康复后再安排接种。对于对疫苗成分过敏的儿童，则禁止接种手足口疫苗。另外，曾患过手足口病的儿童也可以接种疫苗，因为引起手足口病的肠道病毒有多种血清型，接种疫苗可预防未感染过的血清型病毒引起的手足口病。