吃两次紧急避孕药可能会对身体产生一些危害，比如会使月经紊乱，一般有20%左右的女性吃了紧急避孕药后会出现月经提前或推迟的情况。
对月经的影响
月经周期改变： 紧急避孕药会干扰体内的激素水平，吃两次的话更容易导致月经周期紊乱，可能原本规律的月经变得提前或者推迟，提前或推迟的时间可能在1~2周左右。月经量异常： 还可能出现月经量增多或者减少的情况，有的女性吃两次后月经量会比平时多很多，持续时间也可能延长；而有的则会出现月经量明显减少，甚至出现短暂的闭经现象。
对内分泌的干扰
激素失衡加重： 紧急避孕药主要成分是孕激素，吃两次会使体内孕激素水平大幅波动，进一步打乱内分泌系统的平衡。长期如此可能会影响卵巢的正常功能，导致卵巢分泌激素的节律被完全打乱，影响正常的排卵等生理过程。内分泌失调症状： 可能会出现乳房胀痛、头痛、头晕等类似内分泌失调的症状，而且这些症状可能会比吃一次时更明显，持续时间也可能更长。
对避孕效果的影响
避孕失败风险增加： 紧急避孕药的避孕有效率并不是100%，吃两次也不能保证绝对避孕成功。因为它的作用机制是通过干扰排卵、阻止受精或阻碍着床来达到避孕目的，吃两次可能会使这些环节的干扰效果不稳定，反而增加避孕失败的几率，一旦避孕失败需要面临意外妊娠的风险，而意外妊娠后进行人工流产等又会对身体造成更大伤害。
对身体其他方面的潜在影响
肠胃不适加重： 部分人吃紧急避孕药后会出现恶心、呕吐等肠胃不适症状，吃两次的话肠胃不适的情况可能会加重，持续时间也可能延长，影响正常的生活和饮食。心理压力影响： 担心避孕失败或者出现身体不适等情况，还可能会给女性带来心理上的压力，长期的心理压力对身心健康也有不利影响。