女性衣原体感染后，部分人可能没有明显症状，约有一半左右的人症状不典型。而有症状的女性，常见症状如下：
泌尿生殖系统症状
尿道不适：女性感染衣原体后，尿道可能会有瘙痒感，还可能出现尿频的情况，比如原本白天排尿4 - 6次，感染后可能次数增多。部分人会感觉尿道有轻微刺痛，排尿时这种刺痛感可能会更明显一些。阴道分泌物异常：阴道分泌物会增多，颜色可能发黄，质地也会发生变化，比如变得浓稠。同时，阴道可能会有瘙痒感，尤其是在夜间或者月经前后，瘙痒感可能会加重。
宫颈部位症状
宫颈充血：医生通过妇科检查可以发现宫颈有充血的现象，看起来宫颈部位红红的。宫颈分泌物异常：宫颈会有黏液性的分泌物，这些分泌物可能会附着在宫颈口，影响宫颈的正常状态。而且，在做宫颈拭子检查时，容易引起宫颈出血。
盆腔炎相关症状
如果衣原体感染没有及时治疗，可能会引发盆腔炎。此时女性会出现下腹部疼痛，疼痛程度因人而异，有的是隐隐作痛，有的则比较剧烈。还可能伴有发热症状，体温可能会达到38℃左右，同时会有乏力的感觉，精神状态不如平时。另外，月经也可能会出现紊乱，比如月经量增多、月经周期延长等情况。
其他可能症状
部分女性感染衣原体后，还可能会出现性交疼痛的情况。在性生活过程中，会感觉到阴道或者下腹部有疼痛不适，这会影响性生活质量。还有些人可能会出现腰酸的症状，尤其是在劳累之后，腰酸会更加明显。