肾结石的形成与多种因素相关。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超过了其在尿液中的溶解度，就容易析出结晶，逐渐形成肾结石。比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多时，就可能促使肾结石形成。
一、代谢异常因素
尿液中成分比例失调： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加，或者枸橼酸、镁等抑制结石形成的物质排出量减少时，就容易形成结石。例如，正常情况下尿液中的钙和草酸会结合成草酸钙，但如果草酸排出过多，就可能导致草酸钙结晶析出。据研究，高钙尿症患者发生肾结石的风险比正常人要高很多。尿酸代谢异常： 体内尿酸生成过多或尿酸排泄减少，会使尿酸在尿液中浓度升高，当达到饱和状态时，就会形成尿酸结石。痛风患者由于尿酸代谢紊乱，往往更容易并发尿酸结石。
二、局部因素
尿路感染影响： 尿路感染时，细菌、坏死组织等可作为核心，促使晶体附着形成结石。比如变形杆菌感染时，细菌产生的脲酶可分解尿液中的尿素，使尿液碱化，促使磷酸镁铵和磷酸钙等晶体沉淀，从而形成结石。而且感染引起的炎症反应会改变尿液的理化性质，为结石形成创造条件。尿路梗阻问题： 尿路梗阻会导致尿液排出不畅，使尿液中晶体和溶质更容易沉积，进而形成结石。像肾盂输尿管连接处狭窄、前列腺增生等情况，都可能引起尿路梗阻，增加肾结石的发生几率。尿液在梗阻部位滞留时间过长，其中的成分就会逐渐浓缩，容易形成结石。
三、饮食与生活习惯因素
饮食结构不合理： 长期摄入高草酸食物，如菠菜、巧克力、坚果等，会使尿液中草酸含量升高，增加草酸钙结石形成的风险。另外，高嘌呤饮食，像动物内脏、海鲜等，会使尿酸生成增多，容易引发尿酸结石。还有，长期摄入过多的蛋白质，也可能导致尿液中钙和尿酸等成分增加。饮水不足： 每天饮水量过少会使尿液浓缩，尿液中各种溶质的浓度升高，容易形成结晶并进而发展为结石。一般建议肾结石患者每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，以稀释尿液，减少结石形成的机会。而如果平时喝水少，尿液中的有害物质就不能及时排出，容易沉积形成结石。