治疗脑血栓的特效药主要有重组组织型纤溶酶原激活剂（rt-PA），它一般需要在发病4.5小时内使用，能通过溶解血栓来恢复血流。
溶栓类药物
rt-P
A：是常用的溶栓药，通过激活体内纤溶酶原变为纤溶酶，从而溶解血栓，需在发病4.5小时内应用，能有效改善预后，但有一定出血风险。尿激酶：也可用于溶栓治疗，通常在发病6小时内考虑使用，通过激活纤溶酶原发挥作用，不过也存在出血等并发症风险。
抗血小板聚集药物
阿司匹林：是常用的抗血小板药物，一般建议在急性期后长期服用，能抑制血小板的聚集，预防血栓再次形成，但部分人服用后可能出现胃肠道不适等不良反应。氯吡格雷：对于不能耐受阿司匹林的患者可选用，同样是通过抑制血小板聚集来发挥作用，起效相对较快，但也有出血等可能的副作用。
神经保护类药物
依达拉奉：具有清除自由基、减轻神经细胞损伤的作用，可用于脑血栓的治疗，能在一定程度上改善患者的神经功能预后，使用时需注意监测肾功能等指标。胞磷胆碱钠：可以改善脑代谢，促进神经功能恢复，对脑血栓患者的神经功能修复有一定帮助，通常不良反应较少，但也需在医生指导下合理使用。
控制脑水肿药物
甘露醇：能通过提高血浆渗透压，减轻脑水肿，降低颅内压，一般在脑血栓引起明显脑水肿时使用，使用过程中要注意监测电解质等情况，长期大量使用可能导致电解质紊乱等问题。甘油果糖：也是减轻脑水肿的药物，作用相对较温和，适用于颅内压增高不是特别严重的情况，相比甘露醇，对肾功能影响相对较小，但价格可能相对较高一些。