通常来说，由于个体存在差异，所以不存在绝对最好的治疗脑囊虫的方法。而治疗脑囊虫可采取如下几种方式。
一、一般治疗：脑囊虫是寄生虫，其虫卵或幼体侵入人体脑组织后，在脑部活动会致使患者出现如呕吐、头痛、共济失调等身体不适症状。患者要注重休息，合理调整饮食结构，确保饮食卫生，避免抽烟、喝酒等行为，以防加重身体不适，避免刺激虫体生长，以免增加治疗难度。
二、西药治疗：患者可在医生指导下应用驱虫的西药进行治疗，比如吡喹酮片、阿苯达唑片、甲苯咪唑片等。这些药物能够起到刺激脑囊虫的作用，降低脑囊虫活力，促使其离开人体。
1.吡喹酮片：可有效杀灭脑囊虫。
2.阿苯达唑片：对脑囊虫有较好的驱虫效果。
3.甲苯咪唑片：能发挥驱虫作用。
三、手术治疗：如果患者病情严重，药物治疗无效，那么可在医生指导下通过脑室和脑池囊虫摘除术将脑囊虫取出。要是因脑囊虫影响导致脑部有积液，也可在医生指导下进行脑室－腹腔分流术，以减轻身体不适。
此外，还有如中医治疗等其他治疗方法。总之，治疗脑囊虫需要根据患者的具体情况选择合适的方法，以达到较好的治疗效果。