珍珠状丘疹的具体病因目前还不是十分明确，一般认为可能与局部刺激、生理发育变异等因素有关。有研究显示，大约10% - 30%的男性会出现珍珠状丘疹。
局部刺激因素
包皮过长或包茎： 包皮过长者，包皮垢容易积聚在龟头和包皮之间，长期的慢性刺激可能会诱发珍珠状丘疹。因为包皮垢会不断刺激局部皮肤黏膜，使得局部处于慢性炎症状态，进而可能促使珍珠状丘疹的形成。例如，有包皮过长问题的男性，若不注意局部清洁，发生珍珠状丘疹的几率相对会高一些。个人卫生习惯不佳： 不经常清洗阴茎部位，局部污垢堆积，也可能对阴茎冠状沟等部位产生刺激，增加珍珠状丘疹的发生风险。比如长时间不清洗，污垢长期刺激皮肤，就可能影响局部的正常生理状态，引发相关病变。
生理发育变异方面
皮脂腺异位： 阴茎冠状沟部位的皮脂腺发育异常，可能会表现为珍珠状丘疹样改变。这是一种正常的生理发育上的小变异，一般不会对健康造成影响。它是由于皮脂腺的分布、发育出现了与正常情况不同的状况，但不属于疾病范畴，通常不需要特殊处理。解剖结构差异： 个体之间阴茎局部的解剖结构存在一定差异，部分男性可能因为自身解剖结构的特点，更容易出现珍珠状丘疹。比如局部的血管分布、皮肤纹理等结构上的细微不同，可能使得某些男性更易发生这种表现。
其他相关因素
感染因素： 有研究推测，局部轻度的炎症感染可能在珍珠状丘疹的发生中起到一定作用，但并非是明确的致病病原体感染导致的典型炎症性疾病。比如局部轻微的细菌或真菌等感染迹象，可能会参与到珍珠状丘疹的形成过程中，但不是主要的、单一的致病原因。不过这种轻度感染更多的是一种伴随状态，而非直接引发珍珠状丘疹的根源性感染。