新生儿乙肝第二针哭闹，可能是以下原因引起：
1.接种后不良反应：乙肝疫苗是一种生物制品，接种后可能会引起一些不良反应，如发热、接种部位红肿、疼痛等，这些不良反应可能会导致新生儿哭闹。如果哭闹持续时间较长或伴有其他异常症状，建议及时就医。
2.其他原因：新生儿哭闹还可能与饥饿、口渴、尿布湿了、环境不适等因素有关。家长可以检查一下新生儿的情况，如喂奶、更换尿布、调整环境等，以缓解哭闹。
针对新生儿乙肝第二针哭闹的情况，可以采取以下措施：
1.安抚新生儿：轻轻抚摸、抱抱新生儿，给予其安全感，缓解哭闹情绪。
2.检查身体：检查新生儿的身体状况，如是否有发热、接种部位红肿等异常情况。
3.调整环境：保持室内温度适宜、安静，避免噪音和强光刺激。
4.给予安慰：可以给新生儿使用安抚奶嘴、播放轻柔的音乐等，缓解哭闹情绪。
需要注意的是，如果新生儿哭闹持续时间较长、伴有其他异常症状或家长无法判断原因，建议及时就医，以便医生进行诊断和治疗。同时，家长在接种疫苗后应注意观察新生儿的情况，如有异常应及时告知医生。