神经内分泌肿瘤的病因目前尚未完全明确，但有一些相关因素可能与之有关。目前并没有确切的单一数据能精准表明神经内分泌肿瘤的发生概率等，但已知一些相关情况。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 部分神经内分泌肿瘤具有一定的家族遗传易感性。例如，多发性内分泌腺瘤病1型（MEN1）相关的神经内分泌肿瘤，是由MEN1基因的突变引起的，有家族中多人患病的情况出现，这类遗传突变使得个体患神经内分泌肿瘤的风险比一般人群显著增高。特定基因变异： 一些特定的基因变异也可能与神经内分泌肿瘤的发生有关。比如，视网膜母细胞瘤基因（RB1）等的异常改变，会影响细胞的正常生长和调控机制，增加神经内分泌肿瘤发生的可能性。
内分泌紊乱方面
激素水平异常影响： 体内激素水平的长期紊乱可能参与神经内分泌肿瘤的发生。例如，胰岛素瘤是一种常见的神经内分泌肿瘤，胰岛素分泌过多与胰岛细胞的异常增殖有关，而这可能与体内血糖调节等内分泌平衡被打破相关。甲状腺髓样癌也与甲状腺素等激素调节异常有一定关联，甲状腺C细胞的异常增生导致降钙素等激素分泌异常，进而引发相关病变。内分泌系统长期刺激： 长期处于内分泌系统受刺激的状态，也可能诱发神经内分泌肿瘤。比如，长期的高血糖环境可能会对胰岛细胞产生持续刺激，增加胰岛神经内分泌肿瘤的发生风险；而一些自身免疫性内分泌疾病导致的内分泌系统功能紊乱，也可能为神经内分泌肿瘤的发生创造条件。
环境因素影响
化学物质接触： 长期接触某些化学物质可能增加患神经内分泌肿瘤的风险。例如，长期接触某些工业化学毒物，如某些有机溶剂等，可能会损伤细胞的DNA等遗传物质，干扰细胞的正常代谢和调控，从而诱发神经内分泌肿瘤。一些研究发现，在特定的化工工作环境中工作的人群，神经内分泌肿瘤的发生率相对有所升高。辐射暴露： 受到过量的辐射暴露也可能是诱因之一。比如，长期接受放射性治疗的患者，或者在辐射污染环境中生活的人群，其细胞受到辐射损伤后，发生基因突变的概率增加，这其中就包括可能引发神经内分泌肿瘤相关基因的突变，进而导致神经内分泌肿瘤的发生风险上升。