治疗脑血栓常用的药物有溶栓药物、抗血小板聚集药物、神经保护类药物等。一般来说，发病4.5小时内符合条件的患者可考虑使用阿替普酶等溶栓药物。
溶栓类药物
阿替普酶：是常用的溶栓药，能溶解血栓中的纤维蛋白，恢复脑部血流。但使用有严格时间限制，通常要求发病4.5小时内应用，且需评估患者是否符合用药指征，比如排除脑出血等禁忌证。
抗血小板聚集药物
阿司匹林：通过抑制血小板的聚集，防止血栓进一步形成，降低脑血栓复发风险。一般建议无禁忌证的患者长期服用，但有消化道溃疡等病史的患者使用时需谨慎，可能需要同时采取保护胃黏膜等措施。氯吡格雷：也是常用的抗血小板药物，对于不能耐受阿司匹林的患者可考虑使用，它能特异性地抑制二磷酸腺苷（ADP）介导的血小板活化，从而发挥抗血小板作用。
神经保护类药物
依达拉奉：具有清除自由基、减轻神经细胞损伤的作用，可用于改善急性脑梗死患者的神经功能缺损状况。它能抑制脂质过氧化，减少脑组织的氧化损伤，对保护脑神经细胞有一定帮助。胞磷胆碱钠：可以改善脑代谢，促进大脑功能恢复，有助于受损神经细胞的修复和功能重建，常用于脑血栓患者的辅助治疗。