食管胃反流常用的药物有抑酸剂，比如质子泵抑制剂，像奥美拉唑，它能有效抑制胃酸分泌，一般可缓解大部分食管胃反流患者的症状。
抑酸剂类药物
质子泵抑制剂：这类药物通过抑制胃壁细胞上的质子泵来减少胃酸分泌，像兰索拉唑，能长时间发挥作用，有效减轻食管胃反流引起的烧心、反酸等症状。H₂受体拮抗剂：例如雷尼替丁，它能竞争性阻断组胺H₂受体，减少胃酸分泌，对轻至中度食管胃反流有一定疗效，但作用持续时间相对质子泵抑制剂较短。
促胃肠动力药
多潘立酮：可以促进胃肠蠕动，加快胃排空，从而减少胃内容物反流至食管的机会。不过，孕妇慎用多潘立酮，儿童使用时需在医生指导下调整剂量。莫沙必利：也是促胃肠动力药，能促进乙酰胆碱释放，增强胃肠道蠕动，改善食管胃反流导致的消化不良等症状，但部分人服用后可能会有腹泻等不良反应。
黏膜保护剂
铝碳酸镁：它可以中和胃酸，还能在食管、胃黏膜表面形成保护屏障，减轻胃酸、胆汁等对黏膜的刺激，缓解食管胃反流引起的胃痛、烧心等不适，而且孕妇和儿童可以在医生评估后使用。硫糖铝：能在溃疡面或炎症处形成保护膜，保护食管和胃黏膜免受反流物的损伤，但肾功能不全者要谨慎使用。