肠穿孔多需紧急手术治疗，一般在确诊后6~12小时内进行手术效果较好。手术的主要目的是修补穿孔、清理腹腔污染等。比如因溃疡导致的肠穿孔，手术时会先找到穿孔部位，进行缝合修补，同时用生理盐水等冲洗腹腔。
手术治疗方式
单纯穿孔修补术： 适用于穿孔时间较长、腹腔污染严重或患者一般情况较差不能耐受复杂手术的情况。医生会将穿孔处简单缝合，术后需密切观察患者恢复情况。肠部分切除术： 如果肠穿孔严重，局部肠管有坏死等情况，就需要切除坏死部分肠管，然后进行肠吻合。例如因肠道肿瘤导致的肠穿孔，往往需要做肠部分切除并吻合。
非手术治疗情况
少量肠穿孔且病情稳定者： 当肠穿孔很小，腹腔污染轻，患者生命体征平稳时，可考虑非手术治疗。需要严格禁食、胃肠减压，通过静脉补充营养和水分，同时应用广谱抗生素预防感染，密切监测患者腹部体征等变化。一般这种情况比较少见，且需要密切观察病情变化。某些特定病因引起的早期肠穿孔： 比如是因腹部外伤导致的单纯小穿孔，在严格评估后，部分情况可尝试非手术治疗，但也需要密切监护。
术后护理要点
密切观察生命体征： 术后要持续监测患者的体温、血压、心率、呼吸等指标，一般每小时监测一次生命体征，直到患者情况稳定。伤口护理： 保持手术切口清洁干燥，观察切口有无红肿、渗液等情况。如果是腹腔引流管，要妥善固定引流管，观察引流液的颜色、量和性质，正常引流液会逐渐减少且颜色变清。饮食管理： 一般术后需禁食一段时间，待肠道功能恢复、肛门排气后，先从流质饮食开始，如米汤等，然后逐渐过渡到半流质、普食。进食过程中要观察患者有无腹痛、腹胀等不适。