细菌性肠炎通常需要使用抗菌药物等进行治疗，一般可选用诺氟沙星等药物，但18岁以下人群通常不建议使用诺氟沙星。
常用抗菌药物
喹诺酮类药物：像诺氟沙星是常见的喹诺酮类药物，它能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥抗菌作用。不过18岁以下的未成年人由于其骨骼发育可能受影响，一般不建议使用这类药物。头孢类抗生素：比如头孢克肟，属于广谱头孢菌素类抗生素，通过抑制细菌细胞壁的合成来杀菌。对于一些轻中度的细菌性肠炎，可根据病情选用。
肠道黏膜保护剂
蒙脱石散：它可以覆盖在肠道黏膜表面，吸附病原体和毒素，起到保护肠道黏膜的作用。成人和儿童都可以使用，将蒙脱石散溶于水中服用即可。
微生态调节剂
双歧杆菌制剂：像双歧杆菌三联活菌胶囊，能够调节肠道菌群平衡，抑制有害菌的生长，有助于改善肠道功能。它适用于因肠道菌群失调引起的细菌性肠炎等情况，服用时用温水送服。地衣芽孢杆菌活菌制剂：地衣芽孢杆菌能促进肠道有益菌生长，抑制有害菌，对细菌性肠炎有一定的辅助治疗作用，儿童也可以在医生指导下使用。