灰指甲通常较难快速治愈，一般需要规范治疗，常用治疗方法包括外用药物和口服药物等，但不存在绝对快速治好的方法。一般外用抗真菌药如阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，需持续数月。
外用药物选择
阿莫罗芬搽剂： 它能抑制真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后涂抹，一般每周使用1 - 2次，坚持使用数月可见效。环吡酮胺乳膏： 可改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌代谢过程。局部涂抹在病甲及周围皮肤，每天1 - 2次。
口服药物情况
伊曲康唑： 是一种合成的三氮唑类抗真菌药，采用冲击疗法，即服用1周停3周为一个疗程，需服用多个疗程，通过抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响其麦角固醇合成，达到抗真菌效果。但肝功能异常者需谨慎使用。特比萘芬： 能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜重要成分麦角固醇的合成，从而发挥杀菌和抑菌作用。一般每天口服一次，疗程根据病甲情况而定，如指甲癣需服用6 - 12周，趾甲癣需服用12 - 16周。不过，有严重肝肾功能不全者要慎用。
日常护理要点
保持足部清洁干燥： 每天用温水清洗双脚，洗完后及时擦干，尤其是脚趾缝。穿透气性好的鞋袜，勤换鞋袜，袜子最好每天更换，鞋子可定期晾晒，保持干燥，降低真菌滋生的环境。避免共用物品： 不与他人共用拖鞋、脚盆、毛巾等物品，防止交叉感染。家里的鞋袜、毛巾等物品要定期消毒，可通过阳光暴晒或高温水煮等方式进行消毒。