龟头炎的治疗药物需根据病因选择，一般细菌感染引起的龟头炎可使用抗生素类药物，如莫匹罗星软膏等，通常用药后几天内症状会有所改善。
细菌感染性龟头炎用药
局部外用抗生素：对于较轻的细菌感染导致的龟头炎，可使用莫匹罗星软膏，它能抑制细菌生长。一般局部涂抹，每天2 - 3次。系统应用抗生素：如果感染较严重，可能需要口服抗生素，如头孢类抗生素。但使用抗生素前需确保不过敏，且要在医生指导下使用。
真菌感染性龟头炎用药
抗真菌外用药物：常见的有克霉唑乳膏，它可以抑制真菌的生长繁殖。使用时需清洁龟头后涂抹，每天1 - 2次。口服抗真菌药物：对于顽固或反复发作的真菌感染性龟头炎，可能需要口服氟康唑等抗真菌药物，但要注意肝功能情况，因为这类药物可能对肝脏有一定影响，用药期间需定期复查肝功能。
滴虫感染性龟头炎用药
硝基咪唑类药物：如甲硝唑，可用于治疗滴虫感染引起的龟头炎。一般可以口服甲硝唑片，不过口服药物可能会有胃肠道不适等副作用，如恶心、呕吐等。同时，性伴侣也需要同时治疗，以防交叉感染。
过敏性龟头炎用药
糖皮质激素类药物：如果是过敏引起的龟头炎，可短期使用弱效的糖皮质激素软膏，如氢化可的松软膏。但要注意不能长期大量使用，以免引起不良反应，如皮肤萎缩等。同时要避免接触过敏原，如某些避孕套、清洁剂等。