多囊肾的治疗需根据病情阶段等因素综合考虑。对于多囊肾，目前尚无完全治愈的特效药物，但可通过多种方式来控制病情发展。
一般治疗方面
生活方式调整： 患者要保持健康的生活方式，每天保证充足的睡眠，一般建议成年人每晚睡眠7~8小时左右。同时要避免剧烈运动，防止肾脏囊肿破裂出血。另外，要注意控制血压，将血压控制在正常范围，比如收缩压控制在130mmHg以下，舒张压控制在80mmHg以下，有利于减轻肾脏负担。饮食注意： 饮食上要低盐饮食，每日盐的摄入量应控制在3~5克以内，减少钠的摄入可以减轻肾脏的水钠潴留。同时要限制蛋白质的过量摄入，根据肾功能情况合理安排，一般慢性肾功能不全的多囊肾患者，每日蛋白质摄入量可控制在0.6~0.8克/千克体重。
药物治疗方面
控制血压药物： 常用的有ACEI或ARB类药物，这类药物不仅能降低血压，还能减少肾脏的蛋白尿，延缓肾功能的恶化。比如贝那普利，它可以通过抑制血管紧张素转换酶，降低血管紧张素Ⅱ的生成，从而发挥降压和保护肾脏的作用。抗感染药物： 当多囊肾患者出现尿路感染等情况时，需要使用抗感染药物。如发生细菌感染，可根据药敏试验选择合适的抗生素，像头孢菌素类抗生素，不过要注意药物的肾毒性，避免加重肾脏损害。
手术治疗方面
囊肿去顶减压术： 适用于肾功能正常、囊肿较大且有明显腰痛等症状的患者。通过手术去除囊肿顶部，减轻囊肿对肾实质的压迫，延缓肾功能减退的速度。一般来说，手术时机的选择很重要，通常在患者年龄较轻、肾功能尚好时考虑手术。肾脏移植： 对于进入终末期肾病的多囊肾患者，如果有合适的供体，肾脏移植是一种有效的治疗方法。肾脏移植可以恢复肾脏的正常功能，但需要长期服用免疫抑制剂来防止排斥反应，同时要注意预防感染等并发症。