治疗肠炎的药物有多种，常见的如蒙脱石散，它能吸附肠道内的病菌和毒素，一般成人一次服用1袋（3克），儿童根据年龄减量服用。
抗生素类药物
诺氟沙星：属于喹诺酮类抗生素，可用于细菌感染引起的肠炎，但18岁以下青少年禁用，因为可能影响骨骼发育。环丙沙星：对肠道常见的革兰阴性菌有较好的抗菌作用，同样18岁以下人群不建议使用。
益生菌类药物
双歧杆菌四联活菌片：能补充肠道有益菌，调节肠道菌群失衡，适用于因肠道菌群紊乱导致的肠炎，可常温保存，儿童也能在医生指导下服用。枯草杆菌二联活菌颗粒：含有枯草杆菌和屎肠球菌等有益菌，有助于恢复肠道正常菌群，婴幼儿也可服用，用低于40℃的温水或牛奶冲服。
止泻止痛类药物
黄连素：即小檗碱，对肠道细菌有抑制作用，能缓解肠炎引起的腹泻，一般每次服用0.1~0.3克，一天3次。颠茄片：可以缓解肠炎导致的胃肠痉挛性疼痛，但青光眼患者禁用，前列腺增生患者也要慎用。