行房时生殖器刺痛可能由以下原因导致：一是用力不当，在行房过程中用力失当致使黏膜受损，进而可能出现生殖器刺痛，这种情况通常可通过多休息缓解，也可在医生指导下使用青霉素V钾分散片、复方三七片、红霉素软膏等药物来预防感染；二是精囊炎，这是男性生殖系统常见的感染性疾病，常表现为遗精、血精、射精痛等，所以行房生殖器刺痛可能源于此，患者可在医生指导下使用盐酸左氧氟沙星片、异烟肼片、头孢呋辛酯片等药物进行治疗；三是宫颈炎，属于妇科炎症，由宫颈受损伤和病原体侵袭所致，常表现为性交后疼痛、出血等，因此行房生殖器刺痛也可能是宫颈炎引起，患者一般可在医生指导下使用阿奇霉素片、盐酸多西环素片、盐酸左氧氟沙星片等药物进行治疗。
总之，当出现行房生殖器刺痛时，应及时查找原因并采取相应的治疗措施。