滤泡性咽炎的治疗方法需根据病情来定，一般可以通过药物治疗、物理治疗等方式。药物治疗中常用的有含漱液，比如复方硼砂含漱液，可起到清洁口腔、杀菌消炎的作用，能缓解咽部不适，通常一天含漱3~4次。
药物治疗方面
局部含服药物： 西地碘含片也是常用的，它可以在口腔内缓慢释放碘，从而起到杀菌、抗感染的作用，有助于减轻滤泡性咽炎引起的咽部异物感等症状。中成药： 比如咽炎片，它含有玄参、天冬、牡丹皮等多种中药成分，有养阴润肺、清热解毒、清利咽喉、镇咳止痒的功效，对于滤泡性咽炎有一定的缓解作用，一般按照说明书服用即可。
物理治疗手段
激光治疗： 对于滤泡较明显且药物治疗效果不佳的患者，可以考虑激光治疗。激光能够直接作用于滤泡，使其缩小或消失，但术后要注意保持口腔清洁，一般术后1~2周创面可逐渐愈合。冷冻治疗： 利用低温使滤泡组织坏死、脱落，从而达到治疗目的。冷冻治疗后咽部可能会有轻度肿胀，通常1周左右肿胀会逐渐消退。
一般生活调理
饮食方面： 要避免食用辛辣、刺激性食物，像辣椒、花椒等，这类食物容易刺激咽部，加重滤泡性咽炎的症状。同时要多喝水，每天保证饮水量在1500~2000毫升左右，保持咽部黏膜湿润。生活习惯： 要注意戒烟戒酒，因为烟雾和酒精都会对咽部造成刺激，不利于病情恢复。还要避免过度用嗓，比如长时间大声说话、唱歌等，让咽部得到充分休息。