儿童肛门疼可能由多种原因引起。比如肠道寄生虫感染是常见原因之一，像蛲虫感染，多发生在夜间，雌虫会爬出肛门产卵，刺激肛门周围皮肤，导致儿童肛门疼。
肠道寄生虫感染导致
蛲虫感染： 蛲虫一般夜间活动，雌虫爬出肛门产卵时会使肛门周围奇痒，孩子会忍不住搔抓，进而导致肛门疼。这种情况在儿童群体中较为常见，尤其是卫生习惯不好的孩子容易感染。蛔虫等其他寄生虫： 蛔虫等肠道寄生虫也可能引发肠道功能紊乱，间接导致肛门周围不适、疼痛。
局部皮肤问题引起
尿布皮炎： 如果儿童长时间使用尿布，且更换不及时，尿液、粪便刺激皮肤，就容易引发尿布皮炎，出现肛门周围皮肤发红、疼痛等症状。特别是在夏季，孩子出汗多，更易发生。肛周湿疹： 孩子肛周皮肤潮湿、过敏等情况可能引发肛周湿疹，表现为肛门周围皮肤瘙痒、红斑、疼痛等，孩子会因为瘙痒而搔抓，加重疼痛。
肛肠疾病导致
肛裂： 儿童如果大便干结，排便时过于用力，可能会导致肛管皮肤裂开，引起肛门疼痛，同时可能伴有便血，血迹多为鲜红色，附着在粪便表面。肛瘘： 虽然相对少见，但也可能导致儿童肛门疼，一般是由于肛周脓肿破溃后形成肛瘘，会有脓性分泌物从瘘口流出，刺激肛门周围皮肤，引起疼痛。