葡萄胎的发生原因目前尚未完全明确，一般认为可能与以下因素有关。首先是营养因素，饮食中缺乏维生素A及其前体物质和动物脂肪，可能是诱发葡萄胎的高危因素之一。有研究发现，在葡萄胎高发地区，如东南亚国家，居民饮食中维生素A水平普遍较低。
染色体异常因素
完全性葡萄胎： 染色体核型大多为二倍体，全部染色体来自父系，常见核型是46，XX，是由一个细胞核基因物质缺失或失活的空卵与一个单倍体精子（23，X）受精，然后精子的染色体复制而成。部分性葡萄胎： 染色体核型多数为三倍体，最常见的核型是69，XXY，是由一正常单倍体卵子（23，X）和两个正常单倍体精子（23，X）受精，或者由一正常单倍体精子（23，X）和一个减数分裂缺陷的双倍体卵子（46，XX）受精而成。
卵巢功能与内分泌因素
女性的卵巢功能异常也可能与葡萄胎的发生有关。如果卵巢的内分泌调节出现紊乱，会影响卵子的正常发育和受精过程。例如，体内的某些激素水平失衡，如绒毛膜促性腺激素（hCG）、雌激素等水平异常，可能干扰了正常的妊娠过程，增加葡萄胎发生的风险。另外，年龄也是一个重要因素，年龄小于20岁或大于35岁的女性发生葡萄胎的几率相对较高。年轻女性的生殖细胞可能还未完全成熟稳定，而高龄女性卵子质量下降，染色体发生异常的概率增加，从而更容易出现葡萄胎。
既往葡萄胎病史
如果女性既往有过葡萄胎病史，那么再次发生葡萄胎的风险会明显增加。有资料显示，一次葡萄胎后，再次葡萄胎的发生率约为1%；而两次葡萄胎后，再次发生的几率可高达15% - 20%。这可能是因为既往葡萄胎病史提示女性的生殖系统存在一些潜在的不利于正常妊娠的因素，或者是遗传等方面的易感性持续存在。