宫颈癌疫苗有一定副作用，但大多较轻微。一般接种后1-2天内，约10%-30%的人可能出现注射部位疼痛、红肿，少数人会有低热，通常1-2天可自行缓解。
常见局部副作用
注射部位疼痛： 接种后，约20%左右的人会感到注射部位有不同程度的疼痛，一般比较轻微，不需要特殊处理，1-2天内会自行消失。注射部位红肿： 约10%-15%的人会出现注射部位红肿，红肿范围一般比较小，直径多在2-5厘米左右，也是短期即可消退。
常见全身副作用
低热： 约5%-10%的人接种后会出现低热，体温一般在37.1-38℃之间，持续时间较短，多数1-2天就会恢复正常。疲劳： 少数人接种后会有疲劳感，一般休息1-2天就能缓解。
特殊人群的副作用情况
孕妇： 孕妇不建议接种宫颈癌疫苗，目前缺乏孕妇接种后的充分数据，接种可能对胎儿有潜在影响。如果接种后发现怀孕，不需要因此终止妊娠，但需要暂停后续接种，待分娩后再继续完成接种程序。过敏体质者： 有严重过敏史的人接种宫颈癌疫苗需谨慎。如果对疫苗成分如酵母等过敏，接种后可能出现严重过敏反应，如呼吸困难、全身皮疹、喉头水肿等，这类人群接种前要详细告知医生过敏史，由医生评估是否能接种。正在患病者： 处于急性发热期的人，比如体温超过38℃，建议暂缓接种宫颈癌疫苗，等病情好转后再考虑接种。因为此时接种可能会加重发热等症状，也可能影响疫苗效果。