泌尿系统感染通常是由细菌等病原体入侵引起的。比如大肠埃希菌就很常见，大约有80%的泌尿系统感染是由它导致的。
病原体入侵途径
上行感染：这是最主要的途径，细菌从尿道外口进入，沿着尿道向上蔓延到膀胱、输尿管甚至肾脏。像女性的尿道短而直，距离肛门又近，所以女性发生上行感染的几率比男性高很多。比如一些女性不注意会阴清洁，就容易让细菌顺着尿道往上走引发感染。血行感染：细菌通过血液循环到达泌尿系统引起感染。这种情况相对较少见，通常是身体其他部位有严重感染时，细菌随着血液播散到泌尿系统。比如患有败血症的患者，细菌可能通过血液到达肾脏等部位引发泌尿系统感染。
自身防御功能减弱
局部防御功能下降：当尿道黏膜有损伤时，比如性生活、导尿等操作可能损伤尿道黏膜，就容易让细菌入侵。还有一些女性在月经期，局部抵抗力也会下降，增加感染风险。全身抵抗力降低：当人体免疫力低下时，比如长期患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期使用免疫抑制剂的人，身体对病原体的抵御能力减弱，就容易发生泌尿系统感染。例如糖尿病患者，高血糖环境适合细菌生长繁殖，而且自身免疫力也差，更容易出现泌尿系统感染问题。
尿路梗阻因素
机械性梗阻：尿路存在结石、肿瘤等病变时，会阻碍尿液正常流通。比如输尿管结石，会导致尿液排出受阻，尿液在局部积聚，有利于细菌生长繁殖，从而引发泌尿系统感染。功能性梗阻：像神经源性膀胱，由于神经系统病变导致膀胱功能障碍，尿液不能完全排空，也容易引起泌尿系统感染。比如脊髓损伤的患者，可能出现神经源性膀胱，尿液残留容易滋生细菌，引发感染。