尿道与阴茎结核主要是由结核分枝杆菌引起的，以下是具体的病因分析：
1.开放性肺结核：当开放性肺结核患者咳嗽、打喷嚏或吐痰时，结核分枝杆菌可通过飞沫传播到空气中。如果健康人吸入含有结核分枝杆菌的飞沫，就有可能感染结核。尿道和阴茎黏膜较薄，且富含毛细血管和淋巴管，结核分枝杆菌容易通过这些途径感染尿道和阴茎，导致结核。
2.血行播散：身体其他部位的结核病灶（如肺结核、骨骼结核等）可能会通过血液循环播散到尿道和阴茎，引起结核感染。
3.直接蔓延：邻近器官的结核病灶（如前列腺、精囊腺等）可能会直接蔓延到尿道和阴茎，导致结核感染。
4.免疫功能低下：人体免疫功能低下时，结核分枝杆菌容易感染和繁殖，导致结核病的发生。例如，患有艾滋病、糖尿病、长期使用免疫抑制剂等情况时，容易并发尿道和阴茎结核。
需要注意的是，尿道和阴茎结核的诊断需要结合临床症状、体征、实验室检查等综合判断。如果怀疑有尿道和阴茎结核，应及时就医，进行相关检查和治疗。