灰指甲主要由皮肤癣菌等真菌感染引起，治疗不能依赖所谓的土方法，正规治疗很重要。一般可以通过外用药物、口服药物等方式治疗。目前常用的外用抗真菌药物有阿莫罗芬搽剂等，每周使用1 - 2次，坚持使用几个月可能有效果。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲上，一般每周使用1 - 2次。环吡酮胺乳膏：可渗入真菌细胞膜，改变细胞膜的完整性，导致细胞内容物漏出，起到杀菌作用。直接涂抹在病甲及周围皮肤，每天1 - 2次。
口服药物治疗
伊曲康唑：是一种合成的三氮唑衍生物，具有广谱抗真菌作用。采用冲击疗法，即服用一周，停药三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。但服用前需要检查肝功能，肝功能异常者慎用。特比萘芬：能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，影响真菌细胞壁的麦角固醇的生物合成，达到杀菌效果。一般连续服用12周 - 16周，同样需要监测肝功能。
手术治疗情况
病甲清除术：对于单发的灰指甲，可在局部麻醉下，将病甲拔除。但术后要注意防止感染，且新长出来的指甲可能还会再次被感染，所以术后常需要配合外用或口服抗真菌药物。不过这种方法创伤相对较大，现在应用相对较少。
日常注意事项
保持足部清洁干燥：灰指甲患者要勤换鞋袜，洗完脚后要擦干脚趾间的水分，避免真菌滋生。鞋子要选择透气的，比如棉质袜子搭配透气的运动鞋等。避免交叉感染：不要与他人共用拖鞋、脚盆、毛巾等个人物品，在公共浴室、泳池等场所要注意防护，防止被他人的真菌感染。