睡眠呼吸暂停综合征的主要临床表现较多，其中夜间常见的表现是打鼾，约90%的患者有打鼾症状，且鼾声响亮不规律，时断时续，夜间还可能出现呼吸暂停现象，每次暂停时间多在10~20秒以上。
日间的常见表现
日间嗜睡： 这是比较突出的表现，患者白天常常感觉困倦、乏力，严重时在开会、开车等情况下都可能不由自主地入睡，大约70%的患者有日间嗜睡的情况。注意力不集中： 由于夜间睡眠质量差，大脑得不到充分休息，患者会出现注意力难以集中的状况，影响工作和学习效率，大约60%的患者存在不同程度的注意力不集中问题。头痛： 部分患者晨起后会有头痛症状，可能与夜间睡眠时呼吸暂停导致的血氧饱和度下降、二氧化碳潴留等因素有关，约30%~50%的患者会出现晨起头痛。
心血管系统相关表现
高血压： 睡眠呼吸暂停综合征患者发生高血压的几率较高，约50%~60%的患者合并高血压。这是因为睡眠中反复的呼吸暂停会引起间歇性缺氧和二氧化碳潴留，刺激交感神经兴奋，使血压升高。心律失常： 患者可能出现各种心律失常，如房性早搏、室性早搏、房颤等。长期的睡眠呼吸暂停导致的心脏负荷改变是引发心律失常的重要原因，约30%的患者会出现心律失常相关表现。
其他系统相关表现
认知功能障碍： 长期的睡眠呼吸暂停会影响患者的认知功能，表现为记忆力减退、学习能力下降等。研究发现，中重度睡眠呼吸暂停综合征患者的认知功能评分明显低于正常人。性功能障碍： 男性患者可能出现性功能减退，如勃起功能障碍等，这与睡眠呼吸暂停导致的激素水平变化、缺氧等多种因素有关，约40%~60%的男性患者有性功能障碍问题。儿童患者的特殊表现： 儿童睡眠呼吸暂停综合征除了有上述部分表现外，还可能出现生长发育迟缓，因为睡眠中缺氧会影响生长激素的分泌和正常的生长发育过程，大约20%的儿童睡眠呼吸暂停综合征患者会有生长发育落后于同龄人的情况。