女性尿路感染通常是由多种因素引起的，其中大约80%是由单一细菌引起，最常见的致病菌是大肠埃希菌。
解剖结构因素
女性尿道特点：女性尿道较短，一般只有3~5厘米，而且直而宽，距离肛门较近，这使得细菌更容易从尿道外口进入尿道并上行感染。比如，女性在排便后，如果擦拭方式不当，从肛门方向向尿道方向擦拭，就会增加细菌污染尿道的风险。生理结构关联：女性的生殖系统与泌尿系统相邻，这也为细菌感染提供了便利条件。例如，经期卫生不良时，经血是细菌良好的培养基，容易滋生细菌引发尿路感染。
个人卫生习惯因素
不注意局部清洁：有些女性不注重外阴的清洁，尤其是在性生活前后、经期、孕期等特殊时期。如果不及时清洗外阴，会导致细菌在局部滋生。比如，孕期女性由于身体激素变化等原因，更需要注意外阴清洁，否则更容易发生尿路感染。过度清洁问题：虽然要保持清洁，但过度使用阴道洗剂等也可能破坏阴道的正常菌群平衡，反而容易引发尿路感染。正常阴道内有多种菌群维持平衡，过度清洗会打破这种平衡，使有害菌更容易繁殖并感染尿道。
机体免疫力因素
免疫力低下时期：当女性机体免疫力下降时，比如患有糖尿病、长期使用免疫抑制剂、劳累过度、感冒等情况，身体抵御细菌感染的能力减弱，就容易发生尿路感染。例如，糖尿病患者由于血糖较高，尿液中含糖量也高，有利于细菌生长繁殖，所以糖尿病女性患者发生尿路感染的概率比正常人高。特殊时期免疫力变化：育龄期女性在性生活后，由于性活动可能会暂时降低局部抵抗力，加上女性自身的生理结构特点，使得性生活后容易发生尿路感染。另外，更年期女性由于体内雌激素水平下降，阴道和尿道黏膜变薄，局部抵抗力降低，也更容易出现尿路感染问题。