脑干损伤的治疗需综合多种手段，一般来说，早期多采用综合治疗措施。首先是维持生命体征稳定，比如呼吸功能方面，若患者出现呼吸不规则等情况，可能需要短时间使用呼吸机辅助呼吸，通常会根据患者具体状况维持数天至数周不等。
药物治疗方面
脱水降颅压药物：常用甘露醇，通过提高血浆渗透压，使脑组织脱水，降低颅内压，一般可每4 - 6小时使用一次，但要注意监测患者的电解质等情况，防止出现低钠血症等并发症。神经营养药物：像胞磷胆碱钠，能改善脑组织代谢，促进神经功能恢复，可通过静脉滴注等方式给药，维持一定疗程。
手术治疗情况
减压手术：如果脑干损伤是由于颅内血肿等压迫引起，当颅内压持续升高，保守治疗效果不佳时，可能需要进行去骨瓣减压手术，一般在受伤后数小时至1 - 2天内根据病情评估决定是否实施，通过去除部分颅骨，缓解颅内高压对脑干的压迫。清除血肿手术：对于因颅内血肿导致脑干受压的患者，若血肿量较大，需及时进行开颅清除血肿手术，尽快解除血肿对脑干的压迫，手术时机很关键，通常在明确有血肿且具备手术指征时尽早进行。
康复治疗阶段
早期康复干预：在患者生命体征稳定后，如受伤1 - 2周左右，就可开始进行康复治疗。包括肢体的被动运动，由医护人员或家属帮助患者活动四肢关节，预防关节僵硬和肌肉萎缩，每天可进行数次，每次10 - 15分钟左右。高压氧治疗：一般在患者病情稳定后，可考虑进行高压氧治疗，通常每周进行5 - 6次，一个疗程可能需要进行多个疗程，通过提高血氧分压，改善脑干等脑组织的氧供，促进神经功能恢复，但要注意严格掌握高压氧治疗的禁忌证，如患者有气胸等情况则不能进行。