脑血栓治疗目前并没有所谓绝对的“特效药”，但有几种常用药物比较关键。一般来说，在发病4.5~6小时内符合溶栓指征的患者，可使用阿替普酶等溶栓药物，不过这需要严格评估患者情况。
常用的治疗药物
溶栓药物：阿替普酶是常用的溶栓药，能溶解血栓，恢复脑部血流，但需在发病4.5小时内使用，且要排除脑出血等禁忌证。尿激酶也是溶栓药物之一，同样要把握好使用时机。抗血小板药物：阿司匹林是常见的抗血小板药，能抑制血小板聚集，防止血栓进一步形成，一般建议脑梗患者长期小剂量服用。氯吡格雷也是抗血小板药物，对于不能耐受阿司匹林的患者可选用。神经保护剂：依达拉奉是一种神经保护剂，可清除自由基，减轻神经细胞的损伤，对脑梗的神经功能恢复有一定帮助。胞磷胆碱钠能改善脑代谢，促进神经功能恢复。
药物使用的注意事项
溶栓药物使用禁忌：有严重高血压（收缩压＞180mmHg或舒张压＞110mmHg）、近期有脑出血、有出血倾向等情况的患者不能使用溶栓药物，使用前要进行严格的头颅CT等检查来排除禁忌。抗血小板药物的出血风险：阿司匹林和氯吡格雷都可能引起出血风险，比如胃肠道出血、颅内出血等。服用这类药物时要注意观察有无黑便、头痛、呕吐等出血表现，有胃溃疡等病史的患者使用时需谨慎。神经保护剂的使用限制：依达拉奉在肾功能不全患者中需要调整剂量，使用过程中要监测肾功能。胞磷胆碱钠一般不良反应较少，但也需在医生指导下使用，尤其是有癫痫病史的患者要注意观察。
其他辅助治疗相关
控制血压：如果脑梗患者伴有高血压，在急性期血压控制也很重要，一般要将血压控制在180/105mmHg以下，但也不能降得过低，要根据患者具体情况调整。控制血糖：对于有糖尿病的脑梗患者，要将血糖控制在合理范围，过高或过低的血糖都不利于病情恢复，一般空腹血糖控制在7~9mmol/L左右比较合适，但具体要遵循内分泌科和神经内科医生的共同指导。