小腹疼的原因有很多，比如女性生理期时，约60%-90%的女性会有不同程度的小腹疼痛，一般在月经来潮前1-2天开始，经期第1天最剧烈，持续2-3天后缓解。
妇科相关原因
痛经： 分为原发性痛经和继发性痛经。原发性痛经多发生在青春期女性，主要与月经时子宫内膜前列腺素含量增高有关，前列腺素升高可引起子宫平滑肌过强收缩，血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧状态而出现痛经。继发性痛经则是由盆腔器质性疾病引起，如子宫内膜异位症，子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，在月经期间这些异位的内膜也会出血，刺激周围组织引发小腹疼痛，而且疼痛会随经期逐渐加重。盆腔炎： 女性上生殖道感染引起的一组疾病，包括子宫内膜炎、输卵管炎等。盆腔炎患者常有下腹部疼痛，疼痛程度不一，多为持续性，活动或性交后加重。病情严重时还可能伴有发热、阴道分泌物增多等症状。比如急性盆腔炎，患者体温可达到38℃以上。
泌尿系统原因
膀胱炎： 主要由细菌感染引起，常见的致病菌有大肠埃希菌等。膀胱炎患者会出现小腹疼痛，同时伴有尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状，部分患者还可能出现血尿。一般来说，急性膀胱炎发病较急，症状比较明显。输尿管结石： 多是肾脏结石掉落至输尿管引起。结石在输尿管内移动时会刺激输尿管平滑肌，导致痉挛性疼痛，疼痛部位多在下腹部一侧，呈阵发性绞痛，疼痛较为剧烈，还可能伴有血尿、恶心、呕吐等症状。比如直径小于0.6厘米的输尿管结石，有一定的自行排出几率，但如果结石较大，就需要进行相应治疗。
肠道原因
肠炎： 多种原因可引起肠炎，如细菌、病毒感染，饮食不当等。急性肠炎患者常出现小腹疼痛，同时伴有腹泻、恶心、呕吐等症状。如果是细菌性肠炎，可能会有发热现象，体温可能在37.5℃-39℃左右。肠痉挛： 可能由腹部受凉、进食过多生冷食物等引起。肠痉挛发作时，小腹会出现阵发性疼痛，疼痛程度轻重不一，可自行缓解，缓解后患者一般情况良好，腹部无压痛等异常体征。比如儿童比较容易出现肠痉挛，多与饮食不规律等因素有关。