卵巢巧克力囊肿的治疗方法主要包括以下两种：
1.药物治疗：
假孕疗法：通过使用孕激素，使异位的子宫内膜蜕膜化和萎缩，以达到治疗目的。
假绝经疗法：使用促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a），通过抑制垂体分泌促性腺激素，引起卵巢激素水平低落，出现暂时性闭经，使异位的子宫内膜发生类似绝经后的变化，即出现闭经。停药后，月经会逐渐恢复，适用于有生育要求的患者。
2.手术治疗：
保守性手术：即剔除卵巢巧克力囊肿，保留卵巢和生育功能。
半根治性手术：切除子宫和异位的卵巢组织，适用于近绝经期或已绝经的患者。
根治性手术：切除双侧附件及子宫，可用于年龄较大且无生育要求的患者。
此外，还可以采用中医治疗、介入治疗等方法。具体的治疗方法需要根据患者的年龄、症状、生育要求、囊肿大小等因素综合考虑。在治疗过程中，患者需要定期复查，以便及时调整治疗方案。